Другим постоянным врагом русских был татарский султан Мустафа. Зимой 1444 года Василий Васильевич выслал против него князя Василия Оболенского и Андрея Голтяева, и наши войска, совершив поход на лыжах, наголову разбили татар, причем Мустафа был убит. Сам же великий князь в ту же зиму изгнал Улу-Магомета из Нижнего Новгорода и уничтожил несколько из его отрядов.
С. Иванов. Баскаки
За это в 1445 году Улу-Магомету удалось жестоко отплатить Василию Васильевичу. Он неожиданно напал на великого князя на реке Нерли, где тот стоял всего с 1500 человек.
Василий Васильевич смело двинулся во главе своей маленькой рати на врагов и, сражаясь впереди всех по древнему обычаю предков, обратил татар в бегство, но затем они оправились, собрались опять и задавили совершенно русских своими огромными силами. Великий князь дрался, как лев, ему прострелили руку и отрубили несколько пальцев; 13 ран зияло на голове, плечи и грудь были синие от ударов, бешено сыпавшихся на него со всех сторон; наконец он изнемог и был захвачен татарами в плен. Они сняли с него нательные кресты и в знак своей победы отправили их в Москву супруге и матери Василия.
Вся столица затрепетала от этой неожиданности. Жители окрестных селений и посадов в ужасе сбегались в нее, ожидая ежечасно нашествия татар, и огромное их количество столпилось в Кремле. Скоро новое бедствие постигло Москву – ночью вспыхнул жестокий пожар. В Кремле не осталось ни одного деревянного здания, стены многих каменных церквей упали, сгорело около 3000 человек и множество всякого имения.
При этих бедственных обстоятельствах Шемяка, конечно, торжествовал. Он поспешил предложить Улу-Магомету заключить с ним условие – держать Василия Васильевича в вечном заточении у татар, а самому сесть великим князем в Москве, под рукою казанского царя. Однако Улу-Магомет предпочел выпустить Василия Московского из плена, удовольствовавшись значительным выкупом (по-видимому, 25 000 рублей).
В тот самый день, когда Улу-Магомет отпускал от себя Василия, 1 октября 1445 года, в Москве произошло весьма сильное землетрясение, необычное для северных стран: колебались Кремль и посады, дома и церкви. Все считали это предзнаменованием каких-либо ужасных событий, поэтому, когда пришла весть, что великий князь отпущен из плена, то жителей Москвы охватила необычайная радость и он был встречен ими еще радушнее и торжественнее, чем при возвращении своем из Коломны.
Однако Шемяка продолжал свои козни. Он вступил в тайную связь с князьями Иваном Можайским и Борисом Тверским, а также с некоторыми московскими изменниками, во главе которых стоял боярин Старков, и усердно распускал слух, что Василий выпущен из плена на условии, что Улу-Магомет сам сядет на царство в Москве и на всех городах, а Василию в удел отдана будет Тверь. Этой выдумкой Шемяка хотел уверить всех остальных владетельных князей, что они лишатся своих отчин, а потому и должны подняться на Василия Московского.
Между тем последний, ничего не ведая об этом заговоре, отправился на богомолье в Троицко-Сергиевскую обитель в начале февраля 1446 года. Пользуясь его отсутствием в Москве, в ночь на 12 февраля Шемяка неожиданно овладел стольным городом, причем захватил мать и жену Василия Васильевича, оковал верных ему бояр, ограбил казну и в ту же ночь послал князя можайского с большою толпою людей к Троицко-Сергиевскому монастырю, чтобы пленить и великого князя.
Василий стоял у обедни, когда его приближенные сообщили, что Шемяка и можайский князь идут на него с ратью. Он не поверил и с негодованием заявил, что это гнусная клевета на Шемяку. Но ему скоро пришлось воочию убедиться в печальной новости при виде скачущих к монастырю во всю прыть неприятелей. Василий кинулся к конюшне, но здесь не было ни одной оседланной лошади, а все люди его оторопели от страха. Тогда он заперся в Троицкой церкви. К ней не замедлили подскакать его враги и, несмотря на то что великий князь встретил их с иконой с гроба преподобного Сергия и с горячей молитвой на устах, они грубо взяли его за плечи, связали и, посадив в сани, повезли в Москву.
Злодеи перехватали также великокняжеских бояр, но о двух малых сыновьях Василия, Иоанне и Юрии, они впопыхах забыли. Эти двое детей убежали следующей ночью с верным слугою к князю Ивану Ряполовскому в его село, откуда он, взявши всех людей и своих братьев, Семена и Димитрия, ушел в Муром, где заперся.
Между тем пленного великого князя ослепили в Москве и сослали в Углич с женою; мать же, Софию Витовтовну, отослали в Чухлому.
Брат жены великого князя – князь Василий Ярославович Серпуховский – вместе с князем Семеном Оболенским бежали в Литву, где их приняли с честью и дали богатые волости для кормления. Часть бояр Василия убежала в Тверь, другая же присягнула Шемяке, но один из них, доблестный Феодор Басенок, смело объявил, что не будет служить варвару и хищнику, вокняжившемуся в Москве. Шемяка велел его заковать в железо, но Басенок сумел бежать в Литву и соединиться с Василием Ярославовичем Серпуховским и Семеном Оболенским.
Скоро Шемяка должен был убедиться, что все благомыслящее население против него. Опасаясь всеобщего негодования, он не дерзнул послать войска против 6-летнего сына Василия Иоанна и его младшего брата Юрия, находившихся в Муроме с Ряполовскими, а хотел заманить их в свои руки путем коварства. Для этого он призвал всеми уважаемого Рязанского епископа Иону и сказал ему: «Поезжай в Муром, свою епископию, и возьми на свою епитрахиль детей великого князя Василия, а я с радостью их пожалую, отца выпущу и вотчину дам достаточную». Владыка поверил этому и отправился в Муром. Здесь князья Ряполовские после краткой думы решили исполнить волю Шемяки, так как они опасались, что иначе он возьмет город приступом. Тогда Иона пошел в церковь, отслужил молебен Богородице, взял детей с пелены на свою епитрахиль и привез их Шемяке. Но Шемяка его обманул. Он ласково принял малюток, угостил их обедом, а затем отправил в Углич в заточение вместе с отцом.