Василий же 14 апреля 1502 года был торжественно посажен на великое княжение Владимирское, Московское и всея Руси самодержцем по благословению Симона-митрополита. Отправляя посла своего к старому союзнику своему Менгли-Гирею, Иоанн дал такой наказ в случае, если посла спросят о причинах опалы Димитрия: «Внука своего Государь наш было пожаловал, а он стал Государю нашему грубить; но ведь всякий жалует того, кто служит и норовит, а который грубит, того за что жаловать?» Такой же ответ должен был дать и посол, отправленный в Литву, в случае вопроса о перемене наследника.
Несмотря на эти тяжелые семейные обстоятельства, несомненно, сильно отозвавшиеся на престарелом великом князе, он неустанно вел дела своего обширного государства с обычной ему ясностью взгляда, осмотрительностью и, где нужно, необычайной настойчивостью и твердостью.
Отношения к Менгли-Гирею Крымскому продолжали быть неизменно хорошими. Ими очень дорожил Иоанн Васильевич, имея в виду не только Золотую Орду, но и Литву; поэтому он отправлял послами в Крым всегда самых знатных бояр, которые должны были оказывать Менгли-Гирею отменную честь и величание, но, по возможности, отговариваться от поминков, то есть подарков, на которые так были падки алчные татары.
Менгли-Гирей тоже очень ценил дружбу Иоанна и заключил с ним договор, чтобы последний дал ему пристанище на Руси, если с ним случится какая-либо беда. В 1475 году Крым был завоеван турками, и Менгли-Гирей остался в нем ханом в качестве подручника султана; это нисколько не изменило его добрых отношений с Москвою, причем чрез его посредство завелись и наши первые сношения с Турцией. Поводом к ним послужило притеснение русских купцов турками в Азове и Кафе, торговых городах, населенных генуэзцами, татарами и турками. В 1492 году Иоанн послал через Менгли-Гирея грамоту султану Баязету II, которая начиналась так: «Султану великому Царю! Между басурманскими государями ты великий Государь, над Туркскими и Азямскими государями ты волен, ты польский (сухопутный) и морской Государь. Султан Баязет! Иоанн, Божиею милостию единый правый Господарь всея России, отчич и дедич и иным многим землям от севера и до востока Государь, величеству твоему слово наше таково…». Далее следовали жалобы на утеснения русских купцов от турок в Кафе и Азове и предложение, какие установить правила во время их пребывания в этих городах. Грамота оканчивалась так: «Еще одно слово: отец твой славный и великий был господарь; сказывают, хотел он, чтобы наши люди между нами ездили здоровье наше видеть, и послал было к нам своих людей, но, по Божией воле, дело не сделалось; почему же теперь между нами наши люди не ездят здоровье наше видеть?..».
В ответ на эту грамоту Баязет отправил в Москву посла, но его не пропустили литовцы. Тогда в 1497 году Иоанн отправил в Турцию своего посла Михаила Плещеева. Чрезвычайно любопытен наказ, данный Плещееву: он рисует нам, так же как и наказы другим послам, насколько внимательно относился Иоанн к их выбору и с каким достоинством он предписывал им держать себя, чтобы не уронить в глазах иноземцев «высокую особу Русского Государя», лицо которого они «изображали», по словам Иоанна, а также какие обстоятельные сведения должны были собирать послы, находясь за границей. Плещееву было наказано править поклоны султану и сыну его, наместнику в Кафе, стоя, а не на коленях, не уступать места никакому другому послу и сказать посольские речи только султану, а не пашам. И Плещеев в точности исполнил этот наказ: он не хотел иметь никакого дела с пашами, не поехал к ним обедать и с гордостью отверг все предложенные ему подарки. После его посольства торговля с турками возобновилась.
Гораздо важнее, чем посредничество в наших сношениях с турками, была услуга, оказанная Менгли-Гиреем Москве по отношению к Золотой Орде. Мы видели, что Ахмат был убит ханом Ногайской Орды Иваком вскоре после бегства своего с реки Угры. Вражда между Ахматовыми сыновьями и Менгли-Гиреем продолжалась, несмотря на то, что, подчинив себе Крым, турецкий султан, как верховный повелитель всех мусульман, потребовал их примирения; в 1502 году Менгли-Гирей напал на сына Ахмата Шиг-Ахмата и нанес Золотой Орде тяжелый и окончательный удар. Шиг-Ахмат бежал в Турцию, но не был там принят, как враг Менгли-Гирея; тогда он направился к недругу последнего – к польскому королю, но король вероломно заключил его в неволю, желая иметь в руках узника, освобождение которого могло постоянно страшить Менгли-Гирея.
Таков был конец Золотой Орды, столь грозной и знаменитой на протяжении более трех веков!
Предметом постоянных сношений Иоанна с Менгли-Гиреем были также дела казанские. Мы видели, что Иоанн посадил там при помощи русских войск Магмет-Аминя; это был человек буйный, жестокий и до крайности корыстолюбивый, который вскоре возбудил против себя общее негодование казанских вельмож, вынудивших его бежать из нее в Москву, где ему дали Каширу и Серпухов, а в Казань послали его родного брата Абдыл-Летифа. Абдыл-Летиф тоже недолго сидел в Казани; в 1502 году он был схвачен Иоанном Васильевичем за измену и привезен на Белоозеро, где и заточен; в Казань же был опять послан Магмет-Аминь. По поводу этих перемен великий князь приказал своему послу сказать Менгли-Гирею: «Великий князь пожаловал Абдыл-Летифа, посадил на Казань, а он ему начал лгать, ни в каких делах управы не чинил, да и до земли Казанской стал быть лих».
Магмет-Аминь, несмотря на благодеяния государя, был ему также неверным слугою, и в 1505 году, схватив великокняжеского посла и внезапно ограбив русских купцов, он подошел к Нижнему Новгороду, причем Иоанн не успел его наказать, так как, как увидим ниже, умер в том же 1505 году.